De ghnáth déantar anailís ar íonacht peptide ag baint úsáide as Crómatagrafaíocht Leachtach Ardfheidhmíochta (HPLC). Is é príomhchuspóir na hanailíse mais-speictriméadrachta ná an meáchan móilíneach a dhearbhú; Faoi láthair, is iad na príomh-theicnící a úsáidtear le haghaidh anailíse peiptíde ná Mais-Speictriméadracht Ionization Leictrespré (ESI-MS) agus Maitrís-Dí-asú Léasair Chúnta/Speictriméadracht ianaithe (MALDI-MS).
Nochtann anailís ar chomhdhéanamh aimínaigéad na cineálacha agus na cainníochtaí aimínaigéad atá i láthair i peptide, agus is é an bunphrionsabal atá mar bhunús leis an anailís seicheamh aimínaigéad ná díghrádú Edman.
I measc na modhanna chun struchtúir thánaisteacha peiptíde a shainaithint tá Ciorclán Dichroism (CD), Athshondas Maighnéadach Núicléach (NMR), díraonadh X-ghathanna, i measc nithe eile.
Le linn phróiseas sintéise na gcéimeanna soladacha, féadfar eisíontais éagsúla a ghiniúint mar sheichimh scriosta, seichimh ionsáite, peiptídí mí-chúpláilte, peiptídí eipiméirithe, agus peiptídí ocsaíde{-. Go hiondúil déantar sainaithint na n-eisíontas peiptíde sin-trí Chrómatagrafaíocht Leachtach a úsáid-Maise-speictriméadracht Tandem (LC/MS/MS); Cumasaíonn LC-MS mais peiptíde a aimsiú go cruinn, agus úsáidtear MS/MS chun a sheicheamh a shoiléiriú. Ina theannta sin, is féidir teicnící crómatagrafaíochta HPLC a úsáid chun scaradh agus braite éifeachtach a bhaint amach.
I sintéis pas-peptíde soladach-, déantar éifeachtúlacht an chúplála a mheasúnú go príomha trí láithreacht aimínghrúpaí saora ar an roisín a bhrath; tugtar tástáil Kaiser (nó tástáil Ninhydrin) ar an modh braite seo. Má tá aimínghrúpaí saor in aisce i láthair, forbraíonn dath gorm nó donn.